En cuanto a la legislación que le afecta en el desarrollo de sus actividades cabe recordar los decretos de 2 de marzo de 1945 y 24 de julio de 1947, así como el Decreto 914/1969, de creación del archivo General de la Administración que convierte a los Archivos Históricos Provinciales en archivos intermedios de la Administración Periférica del Estado.

En el aspecto administrativo es de mencionar el Real Decreto 3547/1983, de 28 de diciembre, sobre traspaso de competencias, funciones y servicios del Estado a la Comunidad Autónoma de Cantabria en materia de cultura, a partir del cual el Archivo y su personal pasaron a depender de la Diputación Regional de Cantabria. Poco después, en 24 de septiembre de 1984 se firmó el Convenio entre el Ministerio de Cultura y la Diputación Regional de Cantabria que estableció la gestión del Archivo por la Comunidad Autónoma, si bien el Ministerio mantuvo la titularidad; en la actualidad se encuentra adscrito a la Consejería de Cultura, Turismo y Deporte.

La primer sede del Archivo fueron unas dependencia del Instituto de Enseñanza Media "Santa Clara" de Santander, de donde pasó en mayo de 1961 a las actuales de la calle Gravina, número 4, las cuales son, hoy día, totalmente insuficientes; en la actualidad se está desarrollando el acondicionamiento de un antiguo edificio, ocupado hasta 1999 por Tabacalera Española como almacén, para sede del Archivo, lo que permitirá una nueva expansión y desarrollo de sus actividades.

Hasta 1959 lo ingresos de documentación fueron escasos, debido al poco espacio disponible en los locales del Instituto; se reducen a transferencias de los distritos notariales de Santander y Laredo y los libros de la Contaduría de Hipotecas de Santander. A partir de 1960 y hasta 1975 es cuando tiene lugar el ingreso masivo de los fondos que constituyen el Archivo: protocolos notariales de todos los distritos, fondos de la Diputación Provincial, del Corregimiento de Laredo, Catastro de Ensenada, jurisdicciones territoriales del Antiguo Régimen, documentación privada, donaciones. Fechas después ingresaron los fondos de la Organización Sindical, Diario "Alerta", Delegación del Gobierno y otras instituciones de la Administración Periférica. La falta de locales origina la posterior paralización de transferencias documentales.

Durante estos años se han realizado diversas publicaciones de los inventarios y catálogos del Archivo, que han acercado el contenido de sus fondos a investigadores y todo tipo de usuarios. Es de destacar la Guía del Archivo Histórico Provincial de Cantabria, publicada en el año 2000, con motivo del cincuenta aniversario de la creación del Archivo.

En 1991 fue dotado el Archivo de un taller de restauración de documentos y en 1999 el archivo se incorpora al mundo de las nuevas tecnologías mediante la informatización de su proceso descriptivo; en el actual 2004 se ha iniciado la difusión de sus fondos a través de Internet y la digitalización de los mismos.